Desde 2005, o Hospital Regional de Presidente Prudente é reconhecido pelo Ministério da Educação como Hospital de Ensino. Graças a esta denominação, estudantes de diversas áreas podem aprimorar seu conhecimento na assistência ao paciente, sempre amparados por profissionais qualificados.

A residência médica conta com cerca de 200 residentes em 26 especialidades da Medicina. Ela está vinculada à Comissão de Residência Médica (Coreme), do HR, que fica localizada no terceiro andar do bloco administrativo. Além disso, desde 2013, o HR possui três programas de residência multiprofissional, que é composta por 24 profissionais de quatro áreas da saúde (Enfermagem, Farmácia, Fisioterapia e Nutrição). O Coremu (Comissão de Residência Multiprofissional) é o responsável por essa atividade e fica localizado no segundo andar do bloco administrativo da unidade.

Ao longo do ano letivo, mais de 2,2 mil acadêmicos de nível superior desenvolvem atividades interior do hospital. Eles são alunos de medicina, enfermagem, fisioterapia, nutrição, odontologia, biomedicina e superior técnico em radiologia, da Universidade do Oeste Paulista (Unoeste).

Há ainda mais cerca de 1,3 mil estagiários de cursos técnicos em enfermagem, farmácia e radiologia, que estão matriculados nas instituições Criarte, Colégio U.D. e Colégio Unoeste.

No campo da pós-graduação, o hospital oferece ao todo nove programas e conta com aproximadamente 60 profissionais.