O Núcleo Hospitalar de Epidemiologia trabalha para garantir a coleta, registro e análise de informações de saúde, que são repassadas à Vigilância Epidemiológica Municipal (VEM) para a elaboração de estratégias de prevenção à doenças de forma ágil em âmbito comunitário. E também atua na prevenção e tratamento das doenças de pacientes internados na unidade, garantindo assistência específica a esses pacientes. 

Além disso, o NHE atua na educação dos colaboradores, elaborando protocolos e treinamentos, embasados em protocolos do próprio Ministério da Saúde, para manejo de algumas doenças como Dengue e Influenza, por exemplo.